Atendendo ao convite do governador João Alves Filho (2003/2006), assumiu o cargo de Secretário de Estado de Serviços Públicos Metropolitanos, passando a desenvolver atividades nos municípios da Grande Aracaju (Aracaju, Nossa Senhora do Socorro, Barra dos Coqueiros, Laranjeiras e São Cristóvão). Ocupou o cargo durante um ano e dois meses.
No ano seguinte, André Moura foi eleito deputado estadual, pelo Partido Social Cristão (PSC), com votação expressiva – 38.800 votos –, sendo à época o mais votado da história de Sergipe no parlamento estadual. Quebrou outra "regra" ao ser eleito primeiro-secretário da Mesa Diretora da Assembleia Legislativa, cargo jamais ocupado por um parlamentar de primeiro mandato. Em 2008, foi reeleito à Mesa Diretora da Alese, para a mesma função, onde permaneceu até a eleição seguinte, em 2010.